Windows Server 2016 恢复出厂设置有以下几种方法：

使用安装介质

1. 准备安装介质：找到 Windows Server 2016 的安装光盘或制作好的安装 U 盘。
2. 设置启动顺序：将安装介质插入服务器，重启服务器，在 BIOS 中设置从安装介质启动。
3. 删除与重建分区：进入安装界面后，选择安装语言、时区等设置，然后在安装类型选择界面，选择 “自定义（高级）”，删除原有的系统分区和其他分区，重新创建分区。
4. 安装系统：按照安装向导的提示完成系统安装，安装完成后根据需要进行系统配置和更新。

使用命令提示符

1. 以管理员身份打开命令提示符：在搜索框中输入 “cmd”，右键点击 “命令提示符”，选择 “以管理员身份运行”。
2. 输入恢复命令：输入 “systemreset” 命令，如果要恢复出厂设置并安装 Windows 更新，则输入 “systemreset-cleanpc”。
3. 选择重置选项：执行命令后，会出现 “保留我的文件” 或 “删除所有内容” 的选项，根据需要选择。
4. 确认并等待重置：确认选择后，点击 “重置” 按钮，系统将开始恢复出厂设置，等待重置过程完成。

使用系统备份恢复

1. 创建系统备份：如果之前已经使用 Windows Server Backup 或其他备份工具创建了系统备份，可使用该备份进行恢复。定期备份系统状态、文件、文件夹等数据到外部存储设备。
2. 进入恢复界面：将备份存储设备连接到服务器，重启服务器，在启动过程中按 F8 键进入高级启动选项，选择 “修复计算机”，进入系统恢复环境。
3. 选择恢复方式：在系统恢复环境中，选择 “系统映像恢复”，按照提示选择备份文件所在的位置，选择要恢复的系统映像版本。
4. 开始恢复：确认恢复设置后，点击 “下一步” 开始恢复系统，恢复完成后，系统将重启并还原到备份时的状态。